Genom eukariota

Naziv kolegija

Genom eukariota

ECTS

2.0

Status

Izborni kolegij

Izvedba nastave

P9/S9/PK7

Izvođači kolegija

prof. dr. sc. Nives Pećina-Šlaus, Voditelj predmeta
Anja Bukovac, Nastavnik

Studiji na kojima se izvodi

Medicina

Opće napomene o predmetu i organizaciji nastave

Studenti dobivaju najnovija znanja o genetičkog podlozi eukariotske stanice, a time i animalne stanice. Studenti će usvojiti najnovije spoznaje o genomu čovjeka. Osim ovih znanja studenti  će naučiti i karakteristike genoma tumorskih stanica, te čuti o putevima prijenosa signala koji su odgovorni za nastanak i progresiju tumora. Studenti će savladati načine pretraživanja genskih baza na Internetu. Praktični dio predmeta osposobljava studente za otkrivanje genskih promjena u zdravim i tumorskim tkivima čovjeka.


Struktura predmeta

Ukupan broj sati: 25 sati                                                               


Predavanja:                Seminari:                Vježbe:    


9                                    9                            7


Predmet je zamišljen kao elektronski izborni predmet u kombinaciji s klasičnim pristupom - prvenstveno u dijelu vježbi i uvodnom predavanju. Predloženi predmet dati će studentima osnovna znanja o genetičkog podlozi eukariotske stanice, a time i animalne stanice. U današnje doba genomike važno je poznavati karakteristike genoma eukariota i genoma čovjeka. Karakteristike, značajke i mehanizmi molekularne egzistencije eukariotskog genoma osnova su za nadogradnju znanja i vještina ne samo u bazičnim, nego danas i u kliničkim predmentima. Osim ovog područja predmet nudi i teme koje se bave karakteristikama genoma tumorskih stanica, te putevima prijenosa signala koji su odgovorni za nastanak i progresiju tumora. Studenti dobivaju uvid u najnovija istraživanja na ovom znanstvenom polju. Konkretna područja koja predmet obuhvaća: karakteristike eukariotskog genoma; karakteristike humanog genoma; karakteristike genoma tumorske stanice; mutacije i popravak; usporedba genoma eukariota. Elektronski izborni predmet također bi ponudio  pristup i načine pretraživanja genskih baza na Internetu te brojne probleme koje se izvode on-line. Praktični dio predmeta osposobljava studente za otkrivanje genskih promjena u zdravim i tumorskim tkivima čovjeka. Težište je stavljeno na dosad poznate mutacije gena odgovornih za nastanak specifičnih tumora. Vježbe uključuju metode lančana reakcija polimerazom (PCR), detekcija gubitka heterozigotnosti (LOH, od engl. loss of heterozygosity), analiza mikrosatelitnih genskih markera, detekcije mutacija- SSCP/Heteroduplex, elektroforeza na Spreadex gelovima, izolacija DNA i RNA, imunohistokemija.


Provjera znanja

Pismeni ispit


Nastavno štivo

Preporučena literatura:


1. Watson JD, Baker TA, Bell SP, Gann A, Levine M, Losick R. Molecular Biology of the gene, 5th ed. San Francisco: Benjamin Cummings; 2004.(odabrana poglavlja). 2. Pećina-Šlaus i suradnici: Odabrane metode molekularne biologije, Medicinska naklada, Zagreb, 2009. 3. Scherer S. A Short Guide to the Human Genome. Ur. Stewart Scherer, Cold Spring Harbor Laboratory Press, New York, 2008.  4. Sambrook J, Russell DW. Molecular cloning. A laboratory manual. 3rd ed. Cold Spring Harbor, CSH Laboratory Press; 2001.(odabrana poglavlja). 5. Pecina-Slaus N, Beros V, Nikuseva Martic T, Bulic-Jakus F. Genomic Instability of the APC Gene Found in Glioblastoma. U: new Research on Genomic Instability. Ur. Eleanor J Glascow, Novascience Publishers, Inc. 2007, pp.121-137 6. Human Gene Mutation Database (HGMD), http://www.cf.ac.uk/uwcm/mg/ 7. On-Line Mendelian Inheritance in Man (OMIM), http://www3.ncbi.nlm.nih.gov/omim/ 8. Interaktivni web site: A multimedia guide to cancer biology, Cold Spring Harbor Laboratory, 2008 http://www.insidecancer.org/ 9. Interaktivni web site: DNA interactive, Cold Spring Harbor Laboratory, 2003 http://www.dnai.org/ 10. Interaktivni web site: Your genes your health,a multimedia guide to genetic disorders. Cold Spring Harbor Laboratory, 2002 http://www.ygyh.org/ 11. Integrirana baza podataka gena čovjeka, Weitzmann Institute of Science, 2009,  http://www.genecards.org/


Dopunska literatura:


1. Pećina-Šlaus, N. E-cadherin role in normal and malignanat cells. Cancer Cell International, 3:17, 2003. 2. Borovečki F, Pećina-Slaus N, Vukičević S. Biological mechanisms of bone and cartilage remodeling -genomic perspective. Int Orthop. 31 6; 799-805, 2007. 3. Pecina-Slaus, N., Nikuseva Martic T., Tomas D., Beros, V. Zeljko M., Čupić, H. Meningiomas exhibit loss of Heterosygosity of the APC gene. J. Neurooncol.  87:63-70, 2008. 4. Hrašćan R, Pećina-Šlaus N, Martić TN, Colić JF, Gall-Trošelj K, Pavelić K, Karapandža N. Analysis of selected genes in neuroendocrine tumours: insulinomas and phaeochromocytomas. J Neuroendocrinol. 20; 1015-1022; 2008. 5. Pećina-Šlaus N, Nikuševa Martić T, Deak AJ, Zeljko M, Hrašćan R. Genetic and protein changes of E-cadherin in meningiomas. J Cancer Res Clin Oncol. 136; 695-702; 2010. 6. Pećina-Šlaus N, Nikuševa Martić T, Zeljko M, Bulat S. Brain metastases exhibit gross deletions of the APC gene. Brain Tumor Pathol. 28; 223-228, 2011.


Plan