Hrvatski institut za istraživanje mozga (HIIM) je znanstveno-nastavna podružnica Fakulteta, osnovana u svrhu multidisciplinarnog znanstvenog istraživanja i stručnog rada te organiziranja, izvođenja i promicanja svih oblika integrirane prijediplomske i diplomske, te poslijediplomske fakultetske, interfakultetske i međusveučilišne nastave u području temeljne, kliničke i translacijske neuroznanosti. Sjedište HIIM-a je u Zagrebu, Šalata 12.
Temeljni cilj i namjena HIIM-a je da služi kao središte za istraživanje neurobiološke podloge i plastičnosti normalnog kognitivnog razvoja te kognitivnih poremećaja i procesa plastičnosti i reorganizacije u odgovoru na leziju u onim neurološkim i psihijatrijskim bolestima i poremećajima razvojne i odrasle dobi koji su značajni u javno-zdravvstvenom i ekonomskom pogledu za cijelo društvo. Ti se ciljevi ostvaruju kroz interdisciplinarnu, multidisciplinarnu i transdisciplinarnu primjenu širokog raspona istraživačkih metoda, tijesno povezivanje temeljne, kliničke i translacijske neuroznanosti, te kompetitivni odabir istraživačkih projekata na domaćoj i međunarodnoj razini. Institut je središte izvrsnosti u području neuroznanosti, prepoznato i priznato na međunarodnoj razini. U HIIM-u su (u sklopu Zavoda za neuroznanost) i sjedište Vijeća predmeta "Temelji neuroznanosti" te poslijediplomskog doktorskog studija "Neuroznanost".
HIIM od 2015. služi i kao sjedište "Znanstvenog centra izvrsnosti za temeljnu, kliničku i translacijsku neuroznanost".
U realizaciji dugoročnog programa HIIM-a također tijesno surađuju i sljedeći zasebni pravni subjekti, čije je sjedište u zgradi HIIM-a:
Hrvatsko društvo za neuroznanost;
Centar za kliničku primjenu neuroznanosti;
Poliklinika "Neuron".