U svrhu obavljanja multidisciplinarnog znanstvenog istraživanja i specifične obrazovne djelatnosti, Fakultet osniva centre za istraživanja u polju temeljnih medicinskih znanosti, kliničkih medicinskih znanosti i javnog zdravstva kao pravne osobe ili ustrojstvene jedinice Fakulteta:
- Centar za kliničku primjenu neuroznanosti
- Centar za elektronsku mikroskopiju
- Centar za ljudska prava
- Centar za razvoj informacijskog sustava za krizna stanja
- Centar za istraživanje perinatalne etiopatogeneze neuroloških i kognitivnih bolesti
- Akademski centar za simulaciju u medicini