Tijela uprave Fakulteta su: dekan i Fakultetsko vijeće.
Stručna tijela dekana i Fakultetskog vijeća su: Dekanski kolegij, Vijeće godine, Vijeće predmeta, Odbor za izbor nastavnika, znanstvenika i suradnika, Odbor za doktorate.
Dekan
Dekan upravlja Fakultetom, predstavlja Fakultet, njegov je čelnik i voditelj.
Dekan predsjedava Fakultetskim vijećem te osigurava provođenje odluka i zaključaka svih tijela Fakulteta.
Dekanski kolegij
Dekanski kolegij je stručno tijelo kojega čine prodekani, pomoćnici dekana, pročelnici podružnica, tajnik Fakulteta, predstavnik studenata te predstavnik Sindikata.
Dekan priprema, saziva te vodi sjednice Dekanskog kolegija najmanje jedanput na tjedan.
Fakultetsko vijeće
Fakultetsko vijeće je stručno vijeće koje čine izabrani predstavnici redovitih profesora, izvanrednih profesora i docenata, predstavnici nastavnika i suradnika izabranih u nastavna i suradnička zvanja, te predstavnici studenata.
Odbori i povjerenstva
Fakultetsko vijeće za proučavanje i pripremanje pojedinih pitanja, kao i za obavljanje drugih poslova iz svoga djelokruga može osnivati stalna i povremena povjerenstva i odbore.
Sastav, način osnivanja, djelokrug i nadležnost stručnih i savjetodavnih tijela uređuje se posebnim pravilnikom.
Pročelnici katedri i njihovi zamjenici
Popis pročelnika i zamjenika pročelnika katedri Medicinskog fakulteta
Glavni tajnik
Radom Tajništva ravna glavni tajnik kao izvršno tijelo dekana, Fakultetskog vijeća, Dekanskog kolegija i ostalih stručnih tijela Fakulteta, te rješava prvostupanjske upravne stvari.